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In der Regel arbeiten Spamfilter von Mailservern sehr zuverlässig und gut. Es kann vereinzelt aber doch vorkommen, dass "echte" E-Mails fälschlicherweise als Spam eingestuft werden oder tatsächliche Spammails als solche nicht erkannt werden. Die Gründe hierfür sind vielfältig und in den wenigsten Fällen hat man als Empfänger Einfluss auf die Filtermechanismen seines Spamfilters. Hier können sog. Black- und Whitelists Abhilfe verschaffen. In der Blacklist bzw. schwarzen Liste können E-Mail-Absender hinterlegt werden, die pauschal als Spam eingestuft werden sollen. Die Whitelist bzw. weiße Liste ist das genaue Gegenteil. Hier können Absendeadressen eingetragen werden, die nie als Spam eingestuft werden sollen.

Manche Aufgaben müssen von Webanwendungen regelmäßig und automatisch erledigt werden. Gängige Beispiele sind der automatische Abgleich von Lagerbeständen zwischen Onlineshop und Warenwirtschaftssystem. Aber auch der zeitlich exakt bestimmte Versand von Erinnerungsmails an Teilnehmer einer Veranstaltung oder auch das regelmäßige Löschen von Archivdaten. Üblicherweise werden Webanwendungen nicht von Personen dazu aufgefordert diese Arbeiten zu erledigen, sondern von einer Server-Software. Cronjobs bieten die Möglichkeit bestimmte Skripte, Befehle oder Programmteile zeitlich exakt automatisch auszuführen (z.B. jeden Tag um 00:00 Uhr). 

Kaum eine Webanwendung kommt heutzutage ohne Datenbank aus. Egal, ob Sie einen Onlineshop betreiben oder eine Software wie Wordpress oder Joomla nutzen - moderne Webanwendungen sind auf eine Datenbank angewiesen, um ihre Inhalte zu verwalten und darzustellen. Eine Datenbank besteht aus einer Sammlung von Tabellen, die Informationen strukturiert aufbewahren. Dies können z.B. Benutzernamen und E-Mail-Adressen sein, die einzelnen Positionen einer Bestellung oder aber auch die Inhalte einer Website. Datenbanken können vielseitig verwendet werden und sind deswegen ein zentraler Bestandteil moderner Webarchitektur. Daher werden sie bei den meisten Hostinganbietern standardmäßig angeboten.

DomainKeys sichern die Echtheit Ihrer Domain von der aus Sie Mails versenden. Ihr Mailserver signiert von Ihnen versendete E-Mails automatisch mit dem privaten Schlüssel Ihrer Domain. Durch die Veröffentlichung des öffentlichen Schlüsselteils im Domain Name System (DNS) können empfangende Mailserver die Signatur und damit die Authentizität durch Sie versendeter E-Mails überprüfen.

Mit einem DMARC-Record können Sie Richtlinien für empfangende Mailserver festlegen, wie im Falle fehlgeschlagener DKIM- bzw. SPF-Authentifizierungen mit den betroffenen E-Mails umgegangen werden soll. Solche E-Mails könnten z.B. markiert, abgelehnt oder in Quarantäne verschoben werden.

Bei einer htaccess-Datei handelt es sich um eine Konfigurationsdatei, die im Verzeichnis einer Internetseite liegt und Anweisungen für deren Verhalten bei der Kommunikation mit Browsern und Clients ihrer Besucher enthält. Mit einer htaccess-Datei können Browser z.B. dazu aufgefordert werden vor Anzeige einer Internetseite den Benutzer nach Zugangsdaten zu fragen. Aber auch automatische Weiterleitungen zu einer anderen URL können hier hinterlegt werden. Die korrekte Konfiguration einer htaccess-Datei erfordert Sorgfalt und Fachwissen. Daher bieten nicht alle Hostinganbieter die Möglichkeit diese Datei zu bearbeiten.

Beim Logging werden Vorgänge aufgezeichnet, die sich auf einem Server ereignen. Das können beispielsweise der Empfang oder das Absenden von Mails, die Anmeldung auf der Administrationsoberfläche oder der Download einer einzelnen Datei sein. Diese Aufzeichnungen können besonders hilfreich sein, wenn es zu Angriffsversuchen am Server kam und dieser tatsächlich gehackt wurde und für illegale Prozesse missbraucht wird. Server-Logs helfen bei der Analyse und können einen wichtigen Beitrag bei der Erkennung und Behebung von Sicherheitslücken leisten.

Die Kommunikation mit einem Server kann kanalisiert werden. Hier kommen sog. Ports zum Einsatz. Jeder Port hat seine eigene Nummer und ist typischerweise einem bestimmten Zweck zugeordnet. So gibt es beispielsweise Ports, die ausschließlich für den Empfang bzw. den Versand von E-Mails eingesetzt werden. Ebenso gibt es Ports, die nur für die Verbindung mit Datenbanken verwendet werden. Nicht alle Hostinganbieter erlauben die Konfiguration der Ports ihrer Server, da dies viel Fachwissen und Sorgfalt erfordert.

SFTP bezeichnet ein Verfahren zur Dateiübertragung zwischen einem lokalen Rechner und einem Server. Bevor eine Datei über das Internet aufgerufen werden kann (z.B. ein downloadbares PDF-Dokument), muss diese Datei auf einen öffentlich erreichbaren Computer abgelegt werden, einem sog. Server. Hier kommen Dateiübertragungsprotokolle wie SFTP ins Spiel. Lange war das Verfahren FTP (File Transfer Protocol) der allgemeingültige Standard für diesen Zweck. Seit 2001 steht mit SFTP (Secure File Transfer Protocol) ein deutlich sichereres Übertragungsprotokoll zur Verfügung und hat sich zwischenzeitlich zum Standard etabliert.

Mithilfe eines öffentlichen SPF-Eintrags im Domain Name System (DNS) können empfangende Mailserver überprüfen welche IP-Adressen und Hosts E-Mails im Namen Ihrer Domain versenden dürfen. Dies ist besonders beim Einsatz professioneller Newsletter-Dienste relevant.

Um Daten verwalten zu können, die sich auf einem Server befinden, muss man sich mit diesem verbinden. SSH (Secure Shell) ist eine weit verbreitete Möglichkeit, eine Verbindung zu einem Server aufzubauen. Damit sich nicht jede beliebige Person mit einem Server verbinden kann, ist der Zugriff geschützt. Ein zuverlässiger Zugriffsschutz ist hier besonders wichtig, denn wer sich erfolgreich mittels SSH auf einem Server einwählen kann, hat abhängig von den Benutzerrechten auch die Möglichkeit Softwarepakete zu installieren oder zu entfernen und könnte damit großen Schaden anrichten. Der klassische Zugriffsschutz besteht aus einem Benutzernamen und dazugehörigem Passwort. Ist eine erhöhte Sicherheit notwendig, kann man den Zugriff auch mit einem Schlüsselpaar absichern. Hierbei werden zwei kryptografisch verknüpfte Dateien erzeugt: ein öffentlicher und ein privater Schlüssel. Der öffentliche Schlüssel wird auf dem Server hinterlegt, der private Schlüssel verbleibt auf dem lokalen Rechner, von dem aus die Verbindung hergestellt werden soll. Bei jedem Verbindungsversuch prüft der Server, ob öffentlicher und privater Schlüssel zusammenpassen.

Mittlerweile wird der Schutz personenbezogener Daten im Internet sehr ernst genommen. Eine sichere Kommunikation zwischen dem Browser des Besuchers Ihrer Webseite und Ihres Servers ist daher äußerst wichtig. Mit einem SSL-Zertifikat kann man die Kommunikation zwischen dem Server einer Domain und den Browsern bzw. Clients von Benutzern so absichern, dass Dritte die übertragenen Daten weder mitlesen noch manipulieren können. Das SSL-Zertifikat ermöglicht die Verwendung des HTTPS-Protokolls, was von den gängigen Browsern direkt neben ihrer Adresszeile durch ein Schloss-Symbol angezeigt wird. Bedauerlicherweise verlangen viele große Hostinganbieter für jedes einzelne SSL-Zertifikat extra Gebühren - und das, obwohl SSL-Zertifikate mittlerweile zur Standardausstattung jeder Webanwendung zählen sollten.

Mit Subdomains lassen sich untergeordnete Adressbereiche einer Domain umsetzen. Am besten lässt sich dies anhand eines einfachen Beispiels erklären:
Die Firma Max Mustermann GmbH hat ihre Internetseite unter der Domain max-mustermann.de veröffentlicht. Nun möchte sie einen Onlineshop in Betrieb nehmen. Dieser soll unter der Subdomain shop.max-mustermann.de laufen. Mit Subdomains lässt sich das komplette Webangebot einer Firma logisch unterteilen. Weitere gängige Beispiele wären jobs.max-mustermann.de für Stellenangebote und mitarbeiter.max-mustermann.de für einen internen Bereich, der nur den Mitarbeitern des Unternehmens zugänglich sein soll. 

Um die Dateiverwaltung eines Servers zu erleichtern, bieten die meisten Hosting-Provider grafische Benutzeroberflächen zur Verwaltung der Inhalte eines Servers. Diese bieten einen ähnlichen, aber meist reduzierten Funktionsumfang wie lokale Dateiverwaltungsprogramme (Windows Explorer, Mac Finder etc.). Üblicherweise lassen sich Dateien erstellen, umbenennen, kopieren, verschieben, löschen und hochladen. Manche Anbieter erlauben sogar auch das Komprimieren und Entpacken von Archivdateien. Web-basierte FTP-Clients richten sich v. a. an Laien und ermöglichen es ihnen möglichst unkompliziert die Inhalte ihres Servers zu verwalten.